Историята на религията в Япония е дълъг процес на взаимни влияния между различни религиозни традиции. За разлика от Европа, където християнството поглъща местните езически култове, в Япония исконната религия шинто продължава да бъде част от живота на хората от най-ранните времена на съществуването на японските племена, то да днес. Когато будизмът е пренесен в Япония през 6 в., вярванията на шинто и будизма започват да си оказват взаимно влияние. Това е определяща характеристика на японската религия. Най-забележителният пример за такова взаимно проникване е теорията за „хонджи суиджаку”, в която духовете ками, характерни за шинто, са представени като преродени будистки божества. Конфуцианството и даоизмът са други два религиозни течения, внесени отвън и изиграли важни роли в японското общество за период от над 1000 години. Конфуцианските схващания са оказали основно влияние върху японската етическа и политическа философия в периода на формиране на японския нация (от 6 в. до 9 в.) и отново през периода Едо (1603-1868 г.). Макар и по трудно от конфуцианското, религиозното влияние на даоизма върху живота на хората може да се открие във все още продължаващата употреба на китайския календар, както и в популярните вярвания като тези за предсказване на късмета и определяне на щастливи посоки.
Шинто
Думата „шинто”, която често се превежда като „Пътят на боговете”, се изписва с два китайски йероглифа. Първият се произнася самостоятелно като „ками” и означава „бог”, „божество”, „божествена сила”, а вторият йероглиф означава „път”. С въвеждането на системата на оризовите полета през периода Яйои (300 г. пр. Хр. – 300 сл. Хр.), започват да се развиват земеделските ритуали и фестивали, които впоследствие се превръщат в неразделна част от шинто. Макар че думата „ками” може да се използва и само за едно божество, тя може да служи и като колективно наименование на хилядите богове, които са централен обект на поклонение в Япония още от периода Яйои. Духовете ками са част от всички аспекти на живота и се проявяват в различни форми. Това са духовете на природата, които обитават свещени камъни, дървета, планини и други природни феномени. Има родови духове, наречени още „уджигами”, които първоначално са били божествата-закрилници на определени кланове, като често под тях се подразбира обожествен праотец от този клан. Това са т. нар. „та-но ками” или духове на оризовите полета, които се почитат по време на фестивали, свързани засаждането на ориза и прибирането на реколтата. Съществуват и т. нар. „икигами”, които са живи обожествени хора. Духовете „ками”, които най-много напомнят на божества в контекста на Западния светоглед са божествените същества, които обитават Такамага-хара (Високата Небесна равнина). Те се предвождат от богинята на слънцето Аматерасу Омиками, почитана в храма Исе, който е и главното шинто светилище в Япония.
Отчасти като реакция на навлезлите през 6 в. в Япония изключително структурирани будистки доктрини, местните японски вярвания и ритуали, които присъстват навсякъде, но са неорганизирани, започват постепенно да се систематизират под формата на шинто. Желанието да се придаде легитимност на императорската династия, стъпила здраво върху основанията на митологията и религията, довежда до създаването на сборниците „Коджики” („Записки за древните дела”) през 712 г. и „Нихоншоки” („Хрониките на Япония”) през 720 г. Проследявайки династичната линия назад във времето към митичната ера на боговете, тези книги разказват как боговете Изанами и Изанаги създали японските острови и основните богове Аматерасу Омиками (богиня на слънцето), Цукуйоми-но Микото (бога на луната), Сусаноо-но Микото (бога на вятъра и бурите) и др. Смята се, че пра-пра внукът на богинята Аматерасу е легендарният Джимму, първият император на Япония.
Отсъствието на официални свещени писания в шинто отразява липсата на някакви определени морални предписания. Шинто акцентира преди всичко върху ритуалната чистота в отношенията на хората с божествата ками.
Будизъм
Възникнал в Бхарат 5 в. пр. Хр., будизмът се разпространява в Китай през 2-3 в. сл. Хр., а в средата на 6 в. достига Япония през Корея, когато кралят на държавата Пекче на Корейския полуостров изпраща на японския император будистка статуя и преписи от будистки сутри. Будизмът бързо се разпространява сред висшите класи на японското общество след като влиятелният про-будистки клан Сога побеждава анти-будистките фракции. Принц Шотоку (574-622), който оказва височайша подкрепа за построяването на основните будистки храмове като Хорюджи (в префектура Нара), се счита за истинския основател на будизма в Япония.
Император Шому (701-756) обявява будизма за официална държавна религия и построява храма Тодайджи в Нара и огромната статуя на Буда вътре в храма. Въпреки това обаче, паралелното съжителство на шинтоизма и будизма продължава. Шестте основни будистки секти в Нара, които отговарят за ритуалите за благополучие на народа, са предимно теоритично-академични и имат слабо влияние върху обикновените хора. В ранните години на периода Хейан (794-1185) монахът Сайчо (767-822) представя идеите на будистката секта Тендай в Япония, а Кукай, известен още като Кобо Дайши (774-835) – прави това с идеите на сектата Шингон. Тези две течения на езотеричния будизъм се превръщат в най-влиятелните секти в японския императорски двор.
През периода Камакура (1185-1333) в японския будизъм се формира в условията на две важни явления. Първото е основаването на школата на дзен будизма в Япония от Ейсай (1141-1215), основател на сектата Риндзай. Впоследствие дзен е модифициран от Доген (1200-1253) основател на сектата Сото. Дзен доктрината е приета добре от военния елит на Япония от онова време благодарение на нейната директност и фокусирането върху самодисциплината и медитацията. В дзен практиката се използва медитация в седнало положение, наречена „дза-дзен”, както и ирационални гатанки, наречени „коани”, като средства за достигане на просветление („сатори”). Основната разлика между врете дзен секти е, че Риндзай отдава по-голямо значение на коаните за разлика от Сото.
Другото важно събитие през този период е рязкото увеличаване на популярността на будисткото учение сред обикновените хора. Това явление включва появата на т.нар. секти на Чистата земя, които проповядват, че произнасянето на името на Буда Амида е най-добрият начин за постигане на прераждане в Западния рай на Амида, както и на сектата Ничирен, която поставя ударение върху рецитирането на заглавието на Лотосовата сутра.
През периода Едо (1603-1868) шогунатът Токугава изисква всеки човек да бъде зачислен към някой будистки храм, в опит да контролира населението и да унищожи започналото да се разпространява християнството в страната. Тази стъпка подсигурила голям брой членове на храмовете, но не допринесла за облика на будизма като жива религия. В Началото на периода Мейджи (1868-1912), тази система се разпада след вълна на анти-будистки настроения, подбуждани от желанието на правителството да премахне влиянието на будизма от шинто храмовете и да направи шинтоизма държавна религия. В отговор на тази политика и в условията на променящата се социална среда в модерната епоха, будизмът се опитва да преоткрие своята роля в Япония.
Християнство
Разпространението на християнството в Япония може да бъде ясно разделено на три периода – първите контакти с християнството от средата на 16 в.; повторното му навлизане след повече от 200 на самоизолация на държавата до средата на 19 в. и времето след Втората световна война.
Йезуитският мисионер Франциск Ксаверий акостира в пристанището в Кагошима през август 1549 г. Център на дейността на йезуитите става остров Кюшу, най-южният от четирите големи острова на Япония. До 1579 г. католическата вяра приемат 6 едри феодални владетели даймьо, а общият брой на всички покръстени японци е около 100 хил. души. Усилията на йезуитите са приемани благосклонно от военния предводител Ода Нобунага и първоначално от владетеля Тойотоми Хидейоши. Все пак, вероятно поради нарастващото влияние на католиците в Кюшу, по-късно Хидейоши се обръща против християните и през 1579 г. разпъва показно на кръст 26 от тях в Нагасаки. След като Токугава Йеясу поема де факто властта в страната през 1600 г., той първоначално се отнася толерантно към мисионерите, но през 1614 г. военното правителство на Токугава забранява християнството със закон и изгонва мисионерите от страната. По това време в Япония има над 300 хил. японци-католици. Смята се, че около 3000 от тях са екзекутирани, а голям брой от останалите се отказват от вярата си заради гоненията. Други пък продължават тайно да изповядват християнството.
Повторно християнизиране на Япония
След като Япония изоставя своята политика на самоизолация, чуждите мисионери се връщат в страната през 1859 г., макар че действащите закони не им позволяват да проповядват открито до 1873 г. През този период над 30 хиляди тайни християни излизат от нелегалност – те са съумели да запазят тайно вярата си в продължение на над 200 години на преследвания. Католическите и протестантските мисии през този период са доста активни и макар броят на новообърнатите да е сравнително малък, християните имат доста силно влияние в системата на образованието и в синдикалното движение. Активизирането на национализма и популяризирането на посещението на шинтоистки храмове като патриотичен дълг прави 30-те години на 20 в. трудно време за много християни.
След Втората световна война
Християнската дейност непосредствено след края на войната е подкрепяна от окупационните власти в Япония, но придобивките са незначителни. През 2006 г. като християни се определят 2.36 млн. японци, което е по-малко от 1.2% от населението на страната. Въпреки растящата популярност на формалните сватбени церемонии по християнски обред, християнството като религия вероятно за мнозина японци е нещо чуждо и привнесено отвън.Тъй като познанията за християнството и интересът към него през годините расте, то със сигурност не е непозната за японците религия. Това обаче не води до голямо увеличаване на броя на вярващите християни. Една от вероятните причини за това е акцентът върху вярата в единия Бог, която изисква пълно отхвърляне на по-либералния политеизъм на шинтоизма и японския будизъм.
Урбанизацията в страната е откъснала много японци от тяхната семейна принадлежност към определен будистки храм или шинтоистко светилище. Все пак, мнозина считат себе си едновременно за шинтоисти и будисти. Статистиката на Агенцията по културните въпроси за 2006 г. показва общо изповядване на двете религии от около 196 млн. Японци, което е около с 53% повече от общия брой на населението в страната. В религиозния свят на японците шинтоизмът и будизмът по-скоро мирно съжителстват един с друг, отколкото да са в конфликт. За средностатистическия японец религиозната принадлежност не означава непременно регулярно богопочитане или присъствие в храма. Повечето хора посешават храмове и светилища по време на празници и ритуали, които са неизбежно свързани с човешкия живот. Ежегодните празници, по време на които хората посещават храмовете, могат да бъдат свързани с даден храмов фестивал, първото посещение на храма или светилището през годината („хацумоде”), посещение на семейната гробница по време на О-Бон. Ритуалите, свързани с основните етапи в живота на японеца, са първото посещение на шинтоисткото светилище на новороденото бебе („миямаири”); детският фестивал Шичи-го-сан, по време на който храмовете посещават 3 и 5-годишните момчета и 3 и 7-годишните момичета, шинтоисткият сватбен ритуал и будисткото погребение.
Нови религии
Най-очевидното развитие в религиозно отношение в Япония през 20 в. беше появата и разпространението на голям брой нови религии и религиозни течения. Ученията на тези религии компилират различни традиции и аспекти от шинтоизма, будизма, конфуцианството, даоизма, народните вярвания и шаманизма. Основателите на новите религии често се възприемат като живи божества („икигами”). Смята се, че една от привлекателните черти на новите религии е усещането за общност, което дават на хората, на които им липсва душевната и духовната подкрепа, исторически осигурявани от голямото семейство, местната общност и традиционните религии. Опасните аспекти на новите религии като строгия контрол, който се упражнява върху живота на адептите, е обект на по-засилено обществено внимание след атаката с отровен газ зарин на токийското метро през 1995 г. В инцидента загинаха 12 души, а над 1000 други пострадаха, като атентатът беше разкрит като дело на религиозния култ Аум Шинрикьо.