Към средата на 16 век, доминираща сила на Индийския субконтинент е Моголската империя, основана през 1526 г.
Опасявайки се от нарастващата сила на моголския император Хумаюн, на 23 декември 1534 г. султанът на Гуджаратския султанат, Бахадур Шах, подписва с Португалската империя договора от Басеин. Според договора, седемте острова на Мумбай, близкият стратегически град Басеин, както и околностите му, са предадени на португалците. Териториите преминават в португалско владение на 25 октомври 1535 г.
Португалците започват активното създаване и развитие на католически религиозни ордени в Мумбай. Те наричат островите с различни имена, които най-накрая довеждат до писмената форма Бомбаим. Португалските францисканци и йезуити построяват няколко църкви в града, като най-забележителните са Св. Михаил в Махим (1534 г.), Св. Йоан Кръстител в Андхери (1579 г.) и Св. Андрей в Бандра (1580 г.). Португалците построяват и няколко укрепления около града като например Мумбайския замък, Кастела де Агуада (Кастело да Агуада или форт Бандра), и Форт Мадх. Англия също оценява подобаващо стратегическото естествено пристанище и естествената му защита от атаки по суша и това води до постоянна борба с португалците за хегемония над Мумбай. Към средата на 17 век, нарасналата сила на Холандия принуждава англичаните усилено да търсят пристанище за военния си флот по крайбрежието на Западна Бхарат. На 11 май 1661 г. бракът между Чарлз II и Катарина де Браганса, дъщеря на крал Жуау IV, предоставя островите в притежание на Англия, като част от зестрата на Катарина.