През 1639 година Токугава поставят началото на изолационистката политика на „затворена страна“ (сакоку), която продължава над два века и силно ограничава контактите на Япония с външния свят. Връзките със Запада се осъществяват само чрез нидерландския търговски пост Деджима, разположен в залива на Нагасаки.
Самоналожената изолация на Япония е прекратена принудително през 1854 година, когато няколко кораба на Военноморския флот на Съединените щати, командвани от Матю Колбрайт Пери, принуждават правителството да подпише Договора от Канагава. Той е последван от подобни договори с Великобритания, Франция и Русия, които създават впечатлението за пълна капитулация на шогуната пред възприеманите като варвари чужденци. Последните години на Шогуната Токугава, периода Бакумацу, се характеризират с политическо напрежение, породено от тези настроения, което довежда до войната Бошин и отстраняването на шогуните Токугава.
Проведената през 1867 година Реставрация Мейджи премахва шогуната, предава реалната власт на император Мейджи и поставя началото на продължителен период на модернизация. Окончателно е премахната самостоятелността на местните династии, създадени са политически, съдебни и военни институции по западен образец. През 1889 година е свикан първият парламент, създаден е министерски съвет, а през 1890 година е приета Конституцията Мейджи.
Успоредно с политическите реформи през периода Мейджи Япония бързо усвоява западните познания в областта на техниката и страната бързо се индустриализира. След победите си в Първата китайско-японска война (1894 – 1895) и Руско-японската война (1904 – 1905) Япония установява контрол над Тайван, Корея и южната част на Сахалин, превръщайки се в регионална сила. Стопанският и военен напредък е съпроводен с нарастване на населението – от 1873 до 1935 година то се увеличава от 35 на 70 милиона души.