Според археологически изследвания първите заселвания на острова датират от преди 10 пр.н.е., но малко са запазените сведения за периода до 6 век. През 8 век с разпространението на будизма и опита на последователите му да се месят в политиката на правителството, императорът взима решение да премести столицата далеч от будисткото влияние.
През 794 г. новата столица Хеянкио (平安京 – Столица на Хеян) се превръща в седалище на императорския двор. По-късно градът е преименуван на Киото (столица-град) и остава столица на Япония до преместването ѝ през 16 век в Едо (днешно Токио).
През Втората световна война, въпреки решението на американското правителство да хвърли атомна бомба над града, Киото е пощаден. Днес той е единственият голям град в Япония, в който все още могат да се видят машия – традиционните японски къщи.
Министърът на отбраната на САЩ Хенри Стимсън зачерква Киото от списъка на целите поради неговото културно значение, въпреки съпротивата на генерал-лейтенант Лесли Гроувс (началник на проекта „Манхатън“). По думите на професор Едуин О. Райшауер, „Стимсън знае и цени Киото от времето на неговия меден месец там, десетилетия по-рано“.
В Киото си заслужават да се видат Златния павилион, будистките храмове Сенюджи и Шоринин, Кондо, Сребърният павилион, Каменната градина в Рьоан-джи, Градина в Реиунин, Тофукуджи, Замъкът Ниджо ,Кийомидзу-дера, Шинтоисткият храм Хеян Джингу, Императорският дворец…